إنتقل الشيخ محمد محي الدين إلى بيروت عام 1843م حيث عين قاضياً ومفتياً لبيروت عام 1266 هـ 1850م كما كان أيضاً مدرساً وإماماً في الجامع العمري الكبير في بيروت.